CV
My Curriculum Vitae. It is definitely outdated.
You will probably have a better time checking my profile on ORCID or Google Scholar, or what Wikidata/Scholia has about me at https://scholia.toolforge.org/author/Q90076935.
I’ve stolen the following query from Scholia, by the way (so definitely check it out there too):
English:
Education
Bachelor in Biomedical Sciences, University of São Paulo (2014-2017) MSc in Bioinformatics, University of São Paulo (2018-2020) PhD in Bioinformatics, University of São Paulo (2020-)
Sofware Packages
R/Bioconductor
- Lubiana T, Nakaya H (2019). FCBF: Fast Correlation Based Filter for Feature Selection. R package version 1.4.0. [https://bioconductor.org/packages/FCBF/]
- Lubiana T, Nakaya H (2019). fcoex: FCBF-based Co-Expression Networks for Single Cells. R package version 1.0.0. []https://bioconductor.org/packages/fcoex/]
Publications
- Lubiana-Alves T, Nakaya HI. Science Family skills: An Alexa Assistant Tailored for Laboratory Routine. BioRxiv. 2018 Jan 1:484147.
- Bayer-Santos E, Cenens W, Matsuyama BY, Oka GU, Di Sessa G, Mininel ID, Alves TL, Farah CS. The opportunistic pathogen Stenotrophomonas maltophilia utilizes a type IV secretion system for interbacterial killing. PLoS pathogens. 2019 Sep 12;15(9):e1007651.
- Kague, E., Witten, P. E., Soenens, M., Campos, C. L., Lubiana, T., Fisher, S., … & Huysseune, A. (2018). Zebrafish sp7 mutants show tooth cycling independent of attachment, eruption and poor differentiation of teeth. Developmental biology, 435(2), 176-184.
- Molino, J. V., Alves, T. L., Ferreira-Camargo, L., Croce, M., Tanaka, A., Buson, F., … & Siratuti, V. (2016). Chimeric spider silk production in microalgae: a modular bionanomaterial. Research Ideas and Outcomes, 2, e9342.
- Suhrbier A, Prow NA, Hirata TD, Tang B, Larcher T, Mukhopadhyay P, Alves TL, Le TT, Gardner J, Poo YS, Nakayama E. Exacerbation of chikungunya virus rheumatic immunopathology by a high fiber diet and butyrate. Frontiers in Immunology. 2019;10:2736.
Awards
- 2019 Best Poster Award at the session Systems Biology and Networks of the “X-meeting 2019”, AB3C.
- 2019 8th ISCB Wikipedia competition - 2nd place for the page “Multiomics”, International Society for Computational Biology.
- 2017 Gold Medal at iGEM Competition 2017 “Team USP-Brazil”, iGEM Foundation.
- 2016 Silver Medal at iGEM competition 2016 “Team USP-UNIFESP”, iGEM Foundation.
- 2015 Bronze Medal (Team Protomatos) in BIOMOD, Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering at Harvard University.
- 2014 Honorable Mention, ICB - 45 years Congress - ICB/USP.
- 2013 4th Place, International Brain Bee, Vienna.
- 2013 Gold Medal, 9th Brazilian Biology Olympiad.
- 2013 1st place, Brazilian Brain Bee.
- 2012 Bronze Medal, “23rd International Biology Olympiad”, Singapore.
- 2012 Gold Medal, 8th Brazilian Biology Olympiad.
Portuguese:
Educação
Graduado em Ciências Biomédicas pela Universidade de São Paulo (2014-2017) Mestrado em Bioinformática pela Universidade de São Paulo (2018-2020) Doutorado em Bioinformática pela Universidade de São Paulo (2020-)
Experiências de pesquisa
- Brasil:
- 2011 - Estágio de 1 ano em ecotoxicologia/bioquímica sob orientação do Prof. Moacélio Verânio Silva Filho (projeto de vocação científica), Fiocruz/RJ
- 2012 - Estágio de 6 meses no laboratório de doenças neurodegenerativas, sob orientação dos professores Fernanda de Felice e Sérgio Ferreira, Instituto de Bioquímica Médica, CSS/UFRJ
- 2014 - Estágio de 3 meses da grade curricular de Ciências Biomédicas com modelo de esclerose múltipla em camundongos sob orientação do Prof. Jean Pierre Schatzmann Peron, ICB/USP
- 2014 - Estágio de 4 meses da grade curricular de Ciências Biomédicas com modelo de parkinson em ratos sob orientação do Prof. Luiz Roberto Giorgetti de Britto, ICB/USP
- 2015 - Estágio de 4 meses da grade curricular de Ciências Biomédicas usando eletrofisiologia para investigar sinalização redox no córtex visual murino sob orientação do Prof. Roberto Pasquale, ICB/USP
- 2016 - Estágio de 4 meses da grade curricular de Ciências Biomédicas no desenvolvimento ósseo da dentição de mutantes de peixe-zebra, sob orientação de Erika Kague e supervisão de Profa. Maria Rita Passos-Bueno IB/USP
- 2016 - Estágio de 4 meses da grade curricular de Ciências Biomédicas com modificação genética de microalgas com fins biotecnológicos sob orientação de Prof. João Carlos Monteiro de Carvalho, FCF/USP
- 2017 - Estágio de 1 ano para tese de conclusão de curso com toxinas e antitoxinas do sistemas de secreção do tipo 4 em Xanthomonas citri, sob orientação do Prof. Shaker Chuck Farah, IQ/USP
- 2018 - 2019 - Mestrado em Bioinformática com desenvolvimento de metodos e análise de dados transcriptômicos bulk e de células únicas sob orientação do Prof. Helder Nakaya, FCF/USP
- Exterior
- 2014 - Estágio de 1 mês em interações neuroimunes do envelhecimento sob orientação da Prof. Michal Schwartz, Instituto Weizmann, Rehovot, Israel
- 2015 - Estágio de 2 meses aplicando CRISPR/Cas9 para estudar conexões entre neurônios da retina de peixe-zebra sob orientação do Prof. Stephan Neuhauss, Universidade de Zurique, Zurique, Suíça
- 2017 - Estágio de 2 meses estudando o papel da pequena ORF “Toddler” na gastrulação de peixe-zebra sob orientação de Andrea Pauli, Instituto de Patologia Molecular/ Vienna Biocenter, Viena, Áustria
Publicações
- Kague, E., Witten, P. E., Soenens, M., Campos, C. L., Lubiana, T., Fisher, S., … & Huysseune, A. (2018). Zebrafish sp7 mutants show tooth cycling independent of attachment, eruption and poor differentiation of teeth. Developmental biology, 435(2), 176-184.
- Molino, J. V., Alves, T. L., Ferreira-Camargo, L., Croce, M., Tanaka, A., Buson, F., … & Siratuti, V. (2016). Chimeric spider silk production in microalgae: a modular bionanomaterial. Research Ideas and Outcomes, 2, e9342.
- Lubiana-Alves T, Nakaya HI. Science Family skills: An Alexa Assistant Tailored for Laboratory Routine. BioRxiv. 2018 Jan 1:484147.
- Bayer-Santos E, Cenens W, Matsuyama BY, Oka GU, Di Sessa G, Mininel ID, Alves TL, Farah CS. The opportunistic pathogen Stenotrophomonas maltophilia utilizes a type IV secretion system for interbacterial killing. PLoS pathogens. 2019 Sep 12;15(9):e1007651.
- Suhrbier A, Prow NA, Hirata TD, Tang B, Larcher T, Mukhopadhyay P, Alves TL, Le TT, Gardner J, Poo YS, Nakayama E. Exacerbation of chikungunya virus rheumatic immunopathology by a high fiber diet and butyrate. Frontiers in Immunology. 2019;10:2736.
- Lubiana T, Nakaya H (2019). FCBF: Fast Correlation Based Filter for Feature Selection. R package version 1.4.0. ( https://bioconductor.org/packages/FCBF/)
- Lubiana T, Nakaya H (2019). fcoex: FCBF-based Co-Expression Networks for Single Cells. R package version 1.0.0. (https://bioconductor.org/packages/fcoex/)
Prêmios
- 2012 - Medalha de Ouro na 8a Olimpíada Brasileira de Biologia
- 2012 - Medalha de Bronze na 23a Olimpíada Internacional de Biologia, em Singapura
- 2013 - 1º lugar na Olimpíada Brasileira de Neurociências 2013 - 4º lugar na Olimpíada Internacional de Neurociências, em Viena, Áustria
- 2014 - Menção Honrosa pelo pôster “GM1 ganglioside promotes recovery in a rat model of Parkinson’s disease” (Orientação por Prof. Luiz Roberto Giorgetti de Britto) no congresso de 45 anos do ICB/USP.
- 2015 - Medalha de Bronze com a equipe “Protomatos/USP” para competição de nanodesign biomolecular BIOMOD, organizada pelo Instituto Wyss para Engenharia com Inspiração Biológica, da universidade de Harvard, Cambridge, MA, EUA
- 2016 - Medalha de Prata com a equipe USP/UNIFESP para a competição de biologia sintética International Genetically Engineered Machines Competition (iGEM), organizada pela iGEM foundation, em Boston, MA, EUA
- 2017 - Medalha de Ouro como líder da equipe USP para a competição de biologia sintética International Genetically Engineered Machines Competition (iGEM) em Boston, MA, EUA
- 2019 - Melhor pôster na categoria “Systems Biology and Networks” do congresso X-meeting 2019 pelo pôster “Fcoex: an R package for detecting co-expression modules in single-cell RNA-Seq data”